Das DMH ist ein christliches Werk, welches seit 1925 überwiegend im deutschsprachigen Raum tätig ist. Die geographischen Schwerpunkte seiner Tätigkeit liegen in Deutschland und in der Schweiz. In beiden Ländern besteht jeweils eine juristische Person, die operativ für die diakonisch-missionarischen Aktivitäten zuständig ist. In Deutschland ist dies die „Diakonissen-Mutterhaus St. Chrischona gGmbH“ und in der Schweiz die „Stiftung Diakonissen-Mutterhaus St. Chrischona“. Ergänzt werden diese beiden operativen Unternehmen durch je eine Pensionskasse, die die soziale Absicherung der Diakonissen in Deutschland und in der Schweiz zur Aufgabe haben. In beiden Ländern ist die Rechtsform eine Stiftung mit dem Namen „Stiftung Fürsorge- und Unterstützungskasse des Diakonissen-Mutterhauses St. Chrischona“. Aufgrund der verstärkten Tätigkeit im Bereich der Bildung hat die deutsche Fürsorge und Unterstützungskasse 1985 eine Tochtergesellschaft gegründet, nämlich die „Altenpflegeschule Manoah gGmbH“.

Die organisatorische Struktur des DMH-Werkes ist unterteilt in drei Bereiche, die je einem Geschäftsleitungsmitglied zugeordnet sind. Die Oberin des DMH ist die auf 4 Jahre von der Schwesternversammlung gewählte oberste Vertreterin und Repräsentantin. Sie ist für die Schwesterngemeinschaften und die Freundeskreise zuständig und leitet als Vorsitzende der Geschäftsleitung dieses operative Gremium des DMH. Der theologische Leiter des DMH verantwortet die theologische Ausrichtung, die geistlichen Angebote wie Gottesdienste, Gebetszeiten, Lebensberatung bzw. Seelsorge sowie die Öffentlichkeitsarbeit. Der Geschäftsführer des DMH leitet die operativen Geschäftsstellen in Deutschland und der Schweiz, das Liegenschafts- und Kapitalanlagemanagement sowie die Projektentwicklung.